社伝に「養老4年（720）宇佐八幡宮を祭る」と伝えられるが、『伯耆誌』は中古（平安期）に紀氏（進氏の祖）の創建した神社と推定し、地頭職・社領寄進の古文書十余通を引用して詳細に考証している。当社『棟札書上帳』には天永2年（1111）八幡大神上葺と見える。

元弘3年（1333）の後醍醐天皇の綸旨と伝わる書状には「但馬國土田一分地頭職依勲功之賞巨勢家（当時の当社神官）感可令知行者綸旨如此悉之元弘三年五月五日勘解由次官判」とあり、また建武5年（1338）の山名時氏の書状には「伯耆國久保田庄内三谷村地頭職事、右意趣者、天下泰平殊當國凶徒對治者備所奉憑當社加護也、仍寄進状如件、前伊豆守源時氏判」とある。

往古、社域は8」町四方にわたり、神宮寺を有し、社家6戸、士8戸があったと伝えられる。寛永11年（1634）以降の造営に際しては藩より作事奉行、大工棟梁を差向けられ、銀、材木等の寄進が続けられた。慶長年中（1596～1615）に40石、元和6年（1620）に55石9斗8合、寛永9年（1632）40石2斗7升3合を寄進の証文等が残っている。
明治初年、八幡宮の旧称を廃し、境内末社（明和5年（1768）の社帳には摂末社として神功皇后、仲哀天皇、石清水、武内宿禰、物部大連の五社が記されている）を合祭して八幡神社と改称した。

大正6年、もと五千石村福市の西千田神社（素盞嗚尊高良尊）、武内神社（高良尊）、東堀神社（素盞嗚尊高良尊）、春日村水濵の水濵神社（譽田別尊）を合併した。昭和41年日野川の河川改修に伴い移転した。