創立年代不詳。往古は神木を以て荒神宮と称した。大神山神社の摂社であった。明治元年に廃社となったが、地元住民の崇敬厚く、明治１２年１１月許可を得て再興し、亀甲神社と改められた。大字中間亀甲地区の氏神である。

『伯耆民談記』によると、中古の時代に近くの海から白い亀が上がって来て、これはめでたいことだと時の国司が、当時母来（ははき）と呼んでいた国名を、白亀（はくき）さらに伯耆（ほうき）と改めたという伝承がある。この白亀が上がった所が亀甲の地であると伝えられている。