創立年代不明。日野郡樂々福神社旧記に、「佐陀大明神は人皇七代に当って当国悪鬼蜂起し国家動搖す、依て孝霊天皇之れを退治の為め御幸せられ、 国中悉く平定、此の時佐陀大明神を勧請せられし」とある。

享保12年（1727）、社領1石3斗を付されている。『伯耆志』は田蓑日記等を引いて祭神を考証し、「当社は古へ大山仏教院当村の進太郎左衛門相共に議て、出雲の佐陀神社を移し祭ると云へり云々」と記している。明治初年に佐陀神社と改称した。