当社は、元正天皇養老年中の 勧請と伝えられる。永正2年（1505）出雲の国主尼子伊予守経久大曽禰宮若丸武運長久を祈るために造営。天文18年（1549）には米子城主古引長門守永綱が再建。永禄10年（1567）8月、山陰山陽13州の領主毛利輝元が祈願所として造営した。天明5年（1785）には宇田川庄17ヶ村の大社号を許された。近世、宇田川大明神と称していたが、明治初年に 宇田川神社と改称した（宇田川は旧村名でもある）。

大正2年に本宮の本宮神社（もと本宮大明神　伊弉諾尊　伊弉冉尊　天照皇大御神）、西尾原の西尾原神社（もと王子権現と弁財天　大山祇命　木花咲耶姫命）、福頼の蛭子神社（もと蛭子社　蛭子命）、富繁の富繁神社（もと正八幡宮と天神譽田別尊　菅原道眞）、中西尾の中尾神社（もと荒神　素盞嗚命）と中西尾神社（もと荒神（武氏大明神）　素盞嗚命　稲田姫命　武内宿禰命）を合併した。本宮神社は昭和25年に分離した。中西尾、富繁、福頼、西尾原、宝ヶ瀬部落の氏神である。