淳和天皇の御代、天長年間（824頃）出雲日御碕神社宮司の遠祖小野政氏の嫡男小野政重が伯州野津庄三崎の地に御分霊を奉じ、滝上社と称して奉斎し、地名を御崎と改称し、延長6年（928）迄、3代約100年にわたってこの地にとどまり奉仕教化した。この3代の間に神領広大となり社殿3間四方、玉垣25間、建物数棟を数え、上下の厚い信仰を集めたと伝える（「小野家文書」）。

近世まで日御碕大神宮と称したが、明治初年に日御碕神社と改称。大正元年田中字浜ノ上の剣野神社（もと山ノ神　大山祇命）を合併した。

平成９年御崎港湾道路拡張工事に伴い現社地に移転、諸社殿を改築建立した。当社建立の際は出雲日御碕神社の古材を使用することを例としている。

現社地の北側、字屋敷下通の旧社地に隣接して検校屋敷という地積名があり、御崎検校の宅地跡と云われている。又、現社地西方にみさきさんと称する旧塚があり、小野３代の墓所として小祀を立て、春秋祭礼を行い、小野家からの奉斎も今に続いている。