『旧神社誌』によると、元暦年中（1184～85）に中原兼遠の子、樋口兼光の親族が当地に到来して部落を開いたことから、樋口村と称し、南北朝の頃に悪疫流行を除くために京都祇園社牛頭天王を勧請したと伝えられる。

近世まで天王（牛頭天王）と称したが、明治元年に樋口社、同6年に樋口神社と改称した。

束積神社（郷社中山神社）の摂社であったが、明治32年に村社として独立した。樋口部落の氏神である。