創立年代不詳。戦国時代の争乱により、旧記を存しないが、往古より当郷の大社であり、近世も藩主の崇敬篤く社殿営繕費用は当郡賦課を例とし、安産守護の神として崇敬された。

明治初年に壹宮大明神の旧称を廃して壹宮神社と改称した。

大正5年に旧高麗村平田の村社津守神社（もと摂津大明神と稲荷大明神　表筒男命　中筒男命　底筒男命）、上萬の上萬神社（もと山王宮　大己貴命　倉稲魂命　罔象女命　菅原道眞）、妻木の富岡神社（もと利寿権現　天照大御神　稚日女命　少彦名命）、旧所子村野田の野田神社（もと大荒神　素盞嗚命）、清原の清原神社（もと大荒神　素盞嗚命）、莊田の庄田神社（もと山王宮　大己貴命）を合併した。妻木、富岡、荘田、清原の氏神である。上萬神社は昭和37年に分離した。

当社の裏山で「妻木晩田遺跡」が発掘され、縄文時代から室町時代までの遺跡が発見されている。弥生時代の集落跡は国内最大級で平成11年に国の史跡に指定された。本殿裏の「すくね塚」は孝霊山の神々を祀る聖地であったといわれている。

社号の由来について、天忍穂耳命が降臨なされようとした時、瓊瓊杵命が「いちはやく」御誕生になった故を以て一の宮と称したと言う伝承、また当郷開拓の際、最初に建てた神社である故との口碑がある。

六木（むき）村の老夫婦が、毎朝神社に祈願した甲斐あって一女に恵まれた。娘は長じて後に帝のお后にと望まれ、「月日よりなほいや増すの詔（みことのり）かずの女人も汗を入りぬる」と詠じたので、以後この地方を「汗入（あせいり）」と呼び、帝から「ははき（伯耆）には夢の架け橋大山寺妻木（つまき）の里にありとこそ聞け」と賜ってからは、六木が妻木に改められたという伝承がある（『伯耆民諺記』、『大山寺縁起』、『朝妻縁起』）。