創立年代不詳。往古、現社地の南方１.５㎞、字長塔通りに鎮座の八幡宮（譽田別命　武内宿禰命）は元弘の昔、名和長年の義軍に参加した香原林玄蕃允元親が高麗山に拠城した折、鬼門鎮護として建立したと伝えられ、山王権現（大己貴命）を合祭する上高田の氏神であった。

また、現社地の北方約１㎞、宮ノ峯に鎮座の妙見大明神（大己貴神）は龍王大明神（海津見命）を合祭、西高田、東高田両村の氏神であった。万治4年（1661）に現今の地を選んで社殿を建立、2社（5柱の神）を合祭して八幡宮と称し、高田3村の氏神として奉祀した。

明治初年に上高田神社と改称、同26年に高田神社と改称した。大正2年に高田字夏目垣の東高田神社（もと牛頭天王　素盞嗚命）と字堂田の西高田神社（もと高木大明神　天照大御神）を合併した。