神社の創建は承応、明暦(1652～57)の頃に、名和長年公の遺徳を慕う地方の崇敬者が、名和村地内（坪田）の名和氏屋敷跡に一小祠（氏殿権現）を建立したことに始まる。この地には名和神君之碑（天保6年（1835）国主池田氏建立）が建っている。

延宝5年(1677)に藩主池田光仲が臣大窪友尚と議り、旧社地の200ｍ南方、当社鎮座地にほど近い日吉坂の山王権現の社地に、新たに社殿を造営して氏殿権現を奉遷した。安政5年（1858）に正墻薫が藩主池田慶徳の命を奉じて建碑（故伯耆守名和君碑）。

明治6年に県社に列せられ氏殿神社と改称。その後、地方の崇敬者総代等の尽力と慶徳公の朝廷への建言もあり、同11年1月に別格官幣社に列せられ名和神社と改称された。長年公時代の米蔵跡地である長者原（現社地）に、崇敬者有志により新社殿の造営が図られ、明治16年4月10日に竣工し奉遷された。この日、朝廷より新たに神霊代が奉安され、後日、祭神に従三位が贈られた。

その後、昭和7年から10年にかけて拝殿、神門をはじめとして大規模な社殿が新たに造営された。

『太平記』『梅松論』など中世文書・資料には御祭神について数多くの記述が見られ、戦前から専門的な研究書も出版されている。また後醍醐帝や長年公にまつわる伝承は旧伯耆国を中心に各地に残されている。それらを記録した資料や研究書も門脇重綾の『名和氏紀事』、平泉澄の『名和世家』を初めとして多数刊行されている。