創立年代不詳。往古より松尾大明神、長尾大明神と称し両社合殿に鎮斎していた。

貞享４年（1687）現社地に奉遷。元禄５年（1692）１０月本殿を造替。

明治元年に松尾・長尾社と改め、同６年に松尾・長尾神社と改称した。明治７年に本殿を改築した。