創立年代不詳。往古、京都の上賀茂・下鴨両社を勧請して、 宮谷正面の山頂京賀里（京が塚）に上下両社を奉斎し、賀茂大明神と称した。

賀茂ノ庄九ヶ村（井古、下坂、塚原、奥谷、宮谷、郡家、久能寺、 萬代寺、土師百井）の産土神である。天暦6年（952）社殿大破に及び再建。天正9年（1581）に社殿焼失、上下両社とも現社地に奉遷した。明治元年に上賀茂2社並びに賀茂村瀬戸田の境外末社稲生神（倉稲魂神）、本谷の境外末社瀧ノ神（罔象女尊）の4社を下賀茂神社に合祀し、賀茂神社と改称した。

大正3年に賀茂村福本の村社白兎神社（もと土師百井、池田、福本、下門尾、上門尾5村の氏神で白兎大明神と称した。素莵神、倉稲魂神）、稲荷の村社土師神社（もと浄土大明神　天穂日命）、奥谷の奥谷神社（もと荒神　須佐之男尊）、下坂の塚原神社（もと神明　天兒屋根尊）と下坂神社（もと荒神　須佐之男尊）、井古の井古神社（もと荒神　素盞嗚尊）、門尾の門尾神社（もと八幡宮　誉田別尊）、郡家の川井神社（もと龍神　彌都波能賣神、猿田彦命）を合祀。

 大正5年に國中村萬代寺の今島神社（もと荒神　素盞嗚尊）と池田の池田神社（もと弁天　市杵島姫尊、もと稲荷倉稲魂尊、もと龍神　罔象女尊）を合祀。

次いで大正6年に國中村久能寺の田中神社（もと荒神　素盞嗚尊）と土師百井の土師百井神社（もと荒神　素盞嗚尊）を合祀した。

天暦6年（952）の棟札が現存する。