創立年代不詳。口伝に弘安年中（1278～）信濃国諏訪大明神より勧請したと伝わる。古くより軍神及び鎮火の神として地方民に崇敬され、後醍醐天皇が隠岐より還幸の際は勅使の派遣祈願があったと伝わる。天正１１年（1583）兵火により焼失したが、直ちに本殿を再建。慶長２年（1597）に草刈亀喜代が宮ノ山千八百坪を境内として寄進、本殿を再興。万治２年（1659）草刈重秋が本殿を建立。貞享５年（1688）以降、十数回藩主池田氏の為に祈願祭を執行。元禄１３年（1700）及び正徳２年（1712）に本殿を改修。天明２年（1782）智頭大火があり、此の年から本社諏訪大明神の例にならい、本殿四隅に杉の巨柱四本を建立して御柱祭を始めた。文政年中（1820頃）藩主池田縫殿頭社参。天保３年（1832）１１月に本殿を改築した。近世まで諏訪大明神と称していたが、明治初年に境内社稲荷大明神（宇賀魂神）と寺山の山神（大山祇命）を合祀し諏訪神社と改称した。明治３７年１月に幣殿、拝殿、釣殿を改築。大正元年１１月に宮坂谷の村社山崎神社（もと花社大明神、木花咲耶姫命外一神）を合祀、同５年５月に市瀬の村社岩鼻神社（伊弉冉尊外三神）、村社向山神社（天忍穂耳尊外七神）、上市場の村社上市場神社を合祀した。上市場神社は昭和２４年に分祀。平成１６年の台風により本殿が半壊したが、同１８年に改修復元した。