創立年代不詳。三田村の氏神で、往古は三田郷十七村の総氏神であったと伝わる。妙見社（妙見大明神）と称された。

明治初年に境内末社稲荷大明神（宇賀魂命）、油免の山ノ神（大山祇命）、大町口の才の神（猿田彦命）を合祀し、字名によって祓谷神社と改称した。

明治４２年に湯谷の井上神社（もと今宮大明神　罔象女命）、山根荒神谷口井手の上の小谷神社（もと居井大明神　彦火火出見命）、 山根川戸の川戸神社（もと八幡　誉田別命）を合祀。

大正４年に穂見の村社大佐々神社（もと大佐々大明神　素盞嗚命）を合併した。