創立年代不明。貞観１１年（869）に祠官西村氏の祖先が山城国祇園社（八坂神社）の分霊を勧請し、 青渕に奉斎したとの伝承もある。新見谷の総社と伝えられ青淵牛頭天王十二所権現と称した。明応４年（1495）現社地に社殿を建立し奉遷。明治初年地名によって温井神社と改称した。大正４年５月口波多の宮尾神社（もと山ノ神　大山祇命）を合祀、同年９月口宇波の村社中白神社（もと山ノ神　大山祇命）を合祀、大正５年４月波多の山根神社（もと山ノ神　大山祇命）を合祀し、大正６年４月宇波の村社宇波神社（もと山ノ神　大山祇命）を合祀して温宇井神社と改称した。現在の本殿、随神門は明応４年（1495）の建立とも伝わるが、近世末期の改修と思われる。幣殿、拝殿は明治４２年の建立である。