創立年代不詳。往古より那岐大明神と称し、那岐山頂に奉斎、山麓各村（後世の智頭町、奈義町）の崇敬を集めた。当初より伊邪那岐、伊耶那美2柱の神を奉斎したと伝わるが、主祭神（12柱）は熊野十二社権現の祭神17柱のうちの天神七代の神々である。中古、各村ともに凶作が続いたため、因幡、美作両国の山麓に分祀奉斎したところ霊験があったという。

始め宇塚地内に奉遷、後に大背地内（現社地）に奉遷したと伝わる。文禄２年（1593）の洪水で社殿等全て流失したが、寛文７年（1667）に再建したという。近世、那岐大明神は土師郷内十五ヶ村の総氏神として、崇敬者は近郷各村にわたり千数百戸に及んだ。

例祭には智頭郡奉行が参向し、参道（社前の橋と鳥居の間）で馬術の奉納があったという。参道の両側は藩主より献上の神領であった。

また、五月田集落の神楽尾、下馬所等は神社ゆかりの地名である。本殿床下の敷石に「施主　西宇塚村久本彦右衛門　寛保二年（1742）五月日通願」と刻まれている。現本殿は当時の建物に後年修築を加えたものと思われる。

明治２年那岐村内、河津原、西宇塚、東宇塚、大背、早瀬、真鹿野、野原、奥本に鎮座の山ノ神（大山祇命）二十柱を合祀。明治５年に那岐神社と改称した。

大正２年に、早瀬の早瀬神社（素盞嗚神）、城山神社（素盞嗚神）、竹内神社（素盞嗚神）、真鹿野の森岡神社（もと国志大明神　天御中主神）、同境内社荒御魂神社（素盞嗚神）、同上祖霊神（谷口家祖霊）、 野原の野谷神社（素盞嗚神）、河津原の尾崎神社（もと荒神　素盞嗚神）、東宇塚の東宇塚神社（素盞嗚神）、西宇塚の西宇塚神社（もと稲荷大明　神保食神）、奥本の栃本神社（もと荒神　素盞嗚神）、宇丹神社（もと山ノ神　大山津見命）、奥早野神社（もと若宮　素盞嗚神）、大背の奥谷神社（素盞嗚神）、水島神社（もと荒神　素盞嗚神）、口早野神社（素盞嗚神）の十六社を合祀した。同年、大屋の村社大屋神社（もと妙見大明神　素盞嗚尊外三神）を合併したが昭和２２年に分離した。

大屋集落を除く旧那岐村全域が氏子区域である。