創立年代不詳。古老の口伝には、寛文４年（1664）紀伊国熊野権現の分霊を勧請したと伝わる。 往古より熊野権現と称する。明治５年３月に字名によって垣内神社と改称した。

鳥居に天保１２年（1841）とあり、本殿もその頃の建立と思われる。本殿側面にも彫刻を施し、組み物を多用した華麗な造りである。