創立年代不詳。近世まで野々宮大明神と称した。

社伝によれば、山城国小倉山の野々宮神社の分霊を勧請したという。

天正10年（1582）兵火により社殿が焼失した。元和8年（1622）本殿を造営し、ついで安永8年（1779）9月再び本殿を造営した。

明治元年に野々宮社と称し、明治6年に野々宮神社と改称した。

上古、因幡国は光仁天皇大嘗祭（771）の主基の国に卜定されている。

この時、山城国野ノ宮を勧請して神明を祭り、当地の稲を献上したとする説がある。（『因幡誌』） 当神社は蝮の害に霊験著しく、遠近より参拝者が多くあったという。