武内宿禰の創祀とする社伝もあるが、創立年代等不明である。

近世まで三宝荒神と称した。

年々火災が発生して村民辛苦し、元治元年（1864）山城国伏見稲荷大明神の分霊を勧請合祀して火災除を祈った。

明治元年に郡家社と改め、後に郡家神社と改称した。