創立年代不詳。古老の口碑に当社は当村の東方の高山に鎮座していたが、後に現社地に遷座。

十二社権現と称した。

明治元年に旧鎮座地に因み高山社と称し、同6年に高山神社と改称した。

祭神、旧社号から紀州熊野権現を勧請したものと思われる。