『文徳実録』巻3仁寿元年（851）10月の条に「因幡国伊蘇乃佐伎神授従五位下」と見え、『延喜式』神名帳（927）には「伊蘇乃佐只神社二座」 と記されている。

近世は浅崎大明神と称された。『因幡誌』に「神号浅崎は此神上古此の地の浅崎の瀬より現じ給ふ故也と云ふ。伊蘇乃佐只は磯の崎なり。浅崎と義同じ。上世の地名を呼ぶもの疑ひなし」と記されている。

元禄年中（1688～1704）に水害により大川辺りより現社地に奉遷。

享保12年（1727）6月火災により宝物等焼失。

明治元年に村内の稲荷大明神（保食神）を合祀し、伊蘇乃佐只神社の旧称に復した。

明治33年現在と同規模の社殿を建立したが、昭和51年11月放火により全焼、同52年11月に本殿外新築竣工した。