創立年代不詳。山神大明神と称し、大山祇神を祀って当村の氏神としていたが、天正の頃（1580頃）土師村木原の唐櫃城主佐々木高信落城の後、その子佐々木亀松とその臣下が多数当村へ移住するに及び、その守護神八幡宮を相殿として奉祀し、八幡宮山神大明神と称した。

明治元年佐崎社と改め、明治6年12月佐崎神社と改称した。