創立年代不詳。往古より三山口、鍛冶屋両村の氏神で、阿蘇大明神と称した。

社伝によれば小畑実取城主及び老婆城主の崇敬篤く、又かつて肥後国阿蘇大宮司友成朝臣上洛の途、当社に到り阿蘇津彦命、阿蘇津姫命を合祀したと伝わる。

貞享2年（1685）本殿を建築。明治元年阿蘇社と改め、明治6年12月阿蘇神社と改称した。