創立年代不詳。往古より牛頭天王と称し、日野田村（現在の日田）の氏神である。

かつて当村字天神の尾に鎮座していたが、応永20年（1413）現在地に奉遷した。

明治元年境内の稲荷大明神（倉稲魂命）を合祀し日埜田社と改め、明治6年日埜田神社と改称した。

大正3年10月に日田の諏訪神社（もと諏訪大明神、武御名方命）、中島神社（もと荒神　素盞嗚命）、野口神社（もと荒神　素盞嗚命）を合祀した。