創立年代不詳。当社は初め1㎞ほど西の字金剛寺に鎮座。

天正年中（1581）兵火にかかり社殿、人家悉く焼失したので、村民は現在地に転住し、神社も現社地に建立奉斎した。

元禄7年（1694）、享保17年（1732）、寛延4年（1751）、安政4年（1857） に本殿を再建または修理している。

近世まで妙見大明神（妙見社）と称したが、 明治元年に山志谷社、同6年に山志谷神社と改称した。