創立年代不詳。隣村の姫路に多数の人々が来住した頃、疫病が流行したので、その退除を祈願して当社を奉祀したと伝える。

延宝9年（1681）、元禄3年（1690）、宝永7年（1710）、 元文4年（1739）、寛政7年（1795）に社殿を改築修理。

近世は妙見大明神（妙見社）と称したが、明治元年に摂社山ノ神（大山祇命）を合祀して明邊社と改め、同6年に明邊神社と改称した。