創立年代不詳。往古より武王大明神と称する別府村の氏神である。

天正9年（1581）羽柴秀吉が入国し、市場の城主毛利豊元との合戦に際し、社殿焼失。

延宝8年（1680）4月本殿を再建。

明治元年に別府社と称し、同6年に別府神社と改称した。同8年10月に本殿を改築した。