創立年代不詳。往古より花原村の氏神で、近世まで妙見大明神（妙見社）と称した。

応永年中（1400頃） に虫害駆除のため素盞嗚尊を勧請したと伝える。享保12年（1727）と文化13年（1816）に社殿を改築した。

明治元年に摂社瀧神（瀬織津姫尊）と八幡宮（応神天皇）を合祀して花原ノ社と称し、同6年に花原神社と改称した。

大正元年に諸木神社（私都神社）に合祀したが、戦後、荒神社と共に分祀し奉遷した。