成立年代不詳。往古当村の竹内千日という者が上京し、山城国愛宕郡鞍馬の貴布禰神社の分霊を当村字馬場に勧請奉祀し、貴布禰の社と称したという伝承がある。

近世は貴船大明神と称した。明治初年に村内の稲荷社（保食神）、北野神（菅原道眞）、一ツ森神（素盞嗚命）、熊野神（伊弉諾命、伊弉冉尊）の4社を合祀して貴布禰神社と改称した。

大正元年に諸木神社（私都神社）に合祀したが、戦後分祀奉遷した。