創立年代不詳。往古より武庫村の産土神で國司大明神と称された。慶長12年（1603）以降の棟札を存する。寛文7年（1667）の社領高は1石6斗9升8合。元禄14年（1701）と文久2年（1862）に社殿を改築。明治初年に武庫神社と改称した。同44年に武庫の熊野神社（もと熊野権現、速玉男命外2神）を合祀。大正5年に下安井の村社下安井神社（もと正八幡宮、誉田別命外6神）を合併し、当時の村名に因んで神奈川神社と改称した。