創立年代不詳。往古より竜王権現、山王権現と称した。社伝によると、村内に城山と称する要害山があり、其の城主が豊玉姫命を勧請し産土神として奉祀したのが、竜王権現である。その後、大山寺殷盛の時代に領内21カ所に山城国日吉神社の分霊（大物主命）を勧請することがあり、相殿神として合わせ祀ったのが山王権現である。明治元年に御机神社と改称した。大正11年に村内鎮座の大山祇命、湍津姫命を合祀した。