棟札写に「白雉三（653）歳社殿建立」とある。もとは院内・荒金・黒谷を新宮保といい、荒金に国の峯行者堂を設けた時、この地（院内）に熊野権現を勧請したと伝えられる。

「寛延元（1748）年熊野権現一宇成就、印内村荒金村黒谷村氏子中」の棟札が残る。古くは境外に稲荷大明神（宇可之御魂神）、荒金山神（素戔嗚命）、八幡宮（誉田別命）が祀られていた。近世まで熊野権現宮と称した。

明治元年、熊野社と改称、後に熊野神社と改称した。