『延喜式』神名帳 に「二上神社」とあるのが当社である。古くより鼓明神と称し、岩常村の氏神である。

『因幡誌』は「往古二上山に祭神数社あり。峯に鼓の神、東に天神社、南に鐘撞明神、北に八幡宮あり。以上昔より鎮座の神なり。然るに中古山名時氏、二上の城草創の時に諸社皆鼓山に遷さる。 其の年暦今に至りて五百年に及ぶ。故にこの地昔より鼓の宮を拝して二上神社とす。今この山を鼓山と云い、社前の路鼓縄手と云うも、この神遷座以来、其神号の因て生ずる所なり。」との口碑を載せて疑いなしと記している。明治初年に二上神社と改称した。