旧神社誌は「古老の伝に貞享四年（1687）創立すと謂ふ」と記している。「天明八（1782）歳巳甲十月奉建立大神山神」の棟札が残る。

山ノ神と称する当村の産土神であったが、明治初年に小田神社と改称した。

なお、当地（小田ノ大谷）は延興寺の鐘撞大明神も氏神としていたと『因幡誌』は記している。 祭神の木花開耶姫命は、もと山之荒神と称していた。