社伝によると、往古大和国吉野の金峯神社を勧請し、さらに中世に吉野の蔵王権現を勧請して相殿に祀り、諸院総称して龍王寺蔵王権現と称したと伝えられる。

文治4年（1188）、源頼朝が社領を寄進したと伝えられる。

文和2年（1353）、山名氏清が治世祈願のため社領寄進。当山全盛時は32院を数え、牧谷権現と通称する因幡の修験場の一つであった。

天正9年（1581）、羽柴秀吉入国の時、兵火によって社殿・社記悉く焼失、廃地となったが、藩主池田家の崇敬篤く、社殿永遠維持のため玄米250俵を寄付保管し、毎年25俵を寄進した。

正徳3年（1713）、藩主の命を受けた鳥取淳光院によって山頂の社殿（蔵王権現）及び中腹の別当寺（竹美山龍王寺） が再建された。

明治10年4月、仏具、社僧を廃し、金峯神社と改称した。昭和7年8月に郷社に昇格した。