創立年代不詳。口碑に天平年中（729～）の創立とも伝わる。当村は東因幡における重要な港で、藩の米倉があり、毎年御手船入港の際は、藩主より献幣等の事があったという。

天正年間（1573～92）の羽柴秀吉の兵火並びに明治元年の当村大火のために古記録等を焼失した。

近世、湊大明神と称していたが、明治初年に湊神社と改称した。昭和3年に境内を整備し本殿ほか諸殿を建立した。