勧請年代は詳かでない。近世まで若一王子と称した。

寛文10年（1670）以降の棟札が8枚現存する。

明治元年（1868）神垣社、更に同7年神垣神社と改称する。

神社の背後、手放山の麓に銅鉱山古坑道がある。古代、銅を献上されたと伝えられ、鉱山の守護神といわれている。