創立年代不詳。古くより牛頭天王と称し、播州廣峰神社の分霊を勧請。

最初は高岡宝殿ケ平の天王尾に鎮座されたが、元享2年6月（1322）に現在の堂原山麓に奉遷して、牛頭天王第一の宮として広く崇敬された。

文亀・永承（1504～）頃は麻生に御旅所を設け、神幸神事が執行され、神域広く字追掛から字八反田まであった。

当社は、牛馬の守護神として農家の崇敬が篤く、近郷から参拝があり、文政の頃 （1820年）社頭で郡一円の牛市が催されたことがある。

明治元年（1868）高岡社、同7年3月高岡神社と改称する。

大正7年、麻生村の麻生神社を合祀し、次に元高井村漆谷の稲荷神社と麻生神社境内末社稲荷神社の2社を合併し、高岡神社境内に移転・合祀したが、元高井村の稲荷神社は 昭和10年に旧社地に再興。麻生神社と同境内末社稲荷神社は、昭和25年7月、旧社地に再興した。

明治15年、高岡西浦丘で大銅牛が鋳造され奉納されていたが、大東亜戦争中（昭和19年8月）に供出。当時県庁前広場に数日安置され、賽銭ありと新聞に報じられている。