勧請年代不詳。古くより山王権現と称し、小児守護の神として霊験があり、近郷より信仰篤く、ぬいぐるみの猿が奉納され、今も保存されている。

明治元年（1868）糸谷社、同7年3月糸谷神社と改称。

平成21年正月の降雪により折れた大木で、幣殿・拝殿が倒壊したが同年9月に建立した。

山中幸盛が甑山（こしきやま）在陣の時、山王権現を守護神としたと伝わる。