古くより子守権現、また末松権現と称した。

正徳年中（1711～16）、因伯二州の国主池田吉泰は男子がないことを憂い、この社に祈願したところ、霊験著しく宗泰を得た。

そのため藩では米3石を永久に寄進することとなり、神社では、毎年武運長久の祈祷札を池田家に献納した。

明治元年（1868）上荒船社、同7年3月上荒船神社と改称。鳥居の社号額には「子守」「末松」が併記されている。

上古、国府の谷に五つの国があった。大肢谷に滝津の国、小肢谷に磐根の国、その中間に須賀の国、そして谷地区に草邑の国、宮下・岩倉 地区に稲葉の国があった。滝津の国は早くから拓けていたが、磐根の国 （普根とも云った）は後進荒蕪であった為、中間にある清浄な須賀の国 （天国）の罪・穢を普根の地に運び祓い清めた。修祓の地とされた未開の荒れた普根の里、「荒普根」は後に運ぶものの連想から「荒船」と表 記するようになった云う（『子守神社縁起』） 。