創立年代不詳。古くから荒船部落の産土神で、近世まで妙見大明神と称した。

明治元年（1868）6月荒船社、同7年3月荒船神社と改称した。

村の南の山上に「崩御ガ平」という台地がある。安徳天皇崩御の地という伝承があり、『因幡誌』には武王大明神・崩御宮の記事と絵図が掲載されている。