創立年代不詳。往古、出雲國須賀の宮より勧請し、当社も須賀の宮と称して崇敬されたという。中古、あるいは中世に京都の祇園社（八坂神社）を勧請したものと思われ、近世は牛頭天王と称し、根雨、高尾、三谷、貝原の産土神である。尼子氏、毛利氏の頃、神領高90石の寄付があり、中村氏も先例に従ったと伝えられるが、寛永10年（1633）の社領証文には4石3斗1升1合となっている。文久3年（1863）池田氏が御紋付の幕・提灯及び制札を寄進。明治初年根雨神社と改称。昭和8年に根雨の東方山麓の村社高尾神社もと八幡宮、永正15年（1518）の棟札、誉田別命外9神社叢は県指定天然記念物）と根雨字権現の村社三谷神社（根雨のもと王子権現と貝原のもと一二所権現、三谷のもと山ノ神、寛文元年（一六六一）の棟札、大物主神外九神）を合併して社殿を新建した。