創立年代不明。旧神社誌は「元明帝の時（七〇八～七一五）赤衣師、寺を建て智照権現の祠を建 つ、以後両部の霊場となれり」と記しているが、紀州熊野から勧請され、大山、三徳山と同様、修験道の霊山であったことが現存する棟札等によって推察される。

神社誌はまた、元弘3年（1333）閏2月、名和長年が後醍醐帝を船上山に奉ずるや、敵軍兵3千が来襲し、行在所に迫ろうとしたが、帝みずから当社に戦勝を祈願されたところ、忽ち雷電風雨が起こり、機に乗じて敵軍を破り退けたとの伝承を載せている。

後年現社地に奉遷し、国主池田氏により社殿の造営、社領の寄付もなされてい る。船上山三所権現と称し、疫病退散に霊験があるとして、県内中、西部、岡山県北部の各所に勧請された。明治11年、船上神社と改称。現在の社殿は、昭和9年皇弟澄宮殿下御立寄の際、船上山史跡保存会の労により新たに造営されたものである。

崇敬者は広域にわたる。後醍醐天皇行在所跡（候補地）は、当社の1㎞西南方にあり、その近くの「奥ノ 宮」（旧社地）には後醍醐天皇と大山祇命が祀られている。