立年代は不詳であるが、上古に山川の宮代山山頂に神殿を建立し、熊野宮と称し、後に熊野権現と称したといわれている。

武将の社殿改築造営もしばしばあったと伝えられ、後醍醐天皇、船上山行在の際、戦勝の祈願をされたと伝わる。

永祿の頃（1558～70）兵火により社殿宝物等焼失する。

その後、山腹に社殿を建立。明治初年に字名に因って柴尾神社と改称。

大正7年秋の風水害で山地が崩壊し、同時に社殿も破損したが、 同8年に社地を拡張し、社殿を改築した。

山川部落の氏神である。後醍醐天皇が船上山合戦の戦勝祈願の時、当社に水晶の玉と色紙一葉を供えられ、その色紙には「いつくしとみやしろ山の山あらしよも のあだぎり吹きはらうらん」と書かれていたと伝わる。