創立年月不詳。従来三谷村の産土神として奉祀し、妙見香山大明神と称した。

明治元年（1868）に境内鎮座稲荷大明神（保食神）と因幡谷の稲穂大明神（稲穂神）を合祀して美歎社と改称。

同5年10月に三谷神社と改称した。