慶長年間（1596～1615）、領主亀井武蔵守茲矩が当地から高草郡中一円の灌漑用大水路（大井手用水）を掘削したが、度重なる決壊のため、明暦年間（1655～58）に、関係部落28カ村を代表し、高草郡竹生村大庄屋近藤仙五郎が安芸国嚴島大明神の御分霊を勧請して治水を祈願したと伝わる。

その用水の取り入れ口の大樋の傍に、水路の守護の神として市杵島姫命を祀ったのがはじめとされており、もと弁財天社と称した。

明治初年、境内鎮座稲荷大明神を合祀し、樋口神社と改称した。