創立年代は詳かでないが古くより小原大明神と称された。小河内村の氏神である。

明治初年に村内山神の山ノ神（大山祇命）とヒウモンの稲荷大明神（保食神）を合祀して小原神社と改称した。

平成元年3月3日不慮の火災により社殿を焼失したが、直ちに復興に着手し、同2年10月に本殿、幣殿、拝殿を再建した。