創立年代不詳。近世まで小畑村湯谷村両村の産土神は天日神と磐神であったが、明治初年に小畑字岩神の磐神（天手力男命）と村内の荒神（素盞嗚命）、字大城の山ノ神（大山祇命）と大杉大明神（大己貴命）を合祀し、同5年10月、小畑神社と改称した。

昭和32年、境内地を移転し、同60年9月、拝殿を改築した。小畑部落の氏神である。