創立年代不詳。『因幡民談記』巻10に当社棟札が筆記されており、因州守護代日下部氏田公遠江守時高が享禄5年（1532）11月に日月両宮天子大明神の社殿を再興した経緯が記されている。

近世まで日月大明神（月日大明神）と称された。

『因幡民談記』 では、湯谷、小畑、弓河内、北村4ヶ村の氏神となっている。

萬延元年（1860）、藩主の紋所揚羽蝶の使用を許された。

明治元年（1868）、境内末社稲生大明神（保食神）と三滝龍神（瀬折津姫神）の二社を合祀して北村神社と改称した。

同41年6月7日、不慮の火災により建物を焼失したが、6年余を経て旧社を凌ぐ社殿を造営し、大正4年1月に竣工遷座祭を斎行した。北村部落の氏神である。