創立年代は詳らかでないが、 往古より高山権現と称された。

昔は杣小屋の奥、不動滝の上流の急峻の地にあったと言われる。『因幡誌』に伝承が記述されている。

明治元年（1868）、神社改革の際に一時廃社となったが、同13年に再興し、高山神社と改称した。北村部落の崇敬神社である。

古くから高山権現社近くの川渕に石を投げ入れると龍神の怒りで忽ち大雨が降るとの伝承がある。