創立年代は明らかではないが、『日本文徳天皇實録』巻三仁壽元年（851）10月の条に「因幡国―中略―都波奈弥―中略―等五神並授従五位下」とみえ、『延喜式』神名帳（927）には「都波奈彌神社二座」 と記載されている。

『因幡誌』巻10は式内社を考察して「都波奈彌神社二座、散岐郷和奈見村に祭る所の牛頭 天王社是なりと云伝ふ、按ずるに今此地を和奈見と云ふは、都波奈彌の上略即ち地名を以て呼ぶならん、社殿に祭神素盞嗚尊、稲田姫を鎮祭して二座とす」と記している。

和奈見村の氏神で近世まで牛頭天王と称された。

以前は、現鎮座地より50ｍ程上の字宮ノ上に鎮座していたと伝わる。

明治元年（1868）に宮ノ上の岡大明神（天乃忍穂耳尊他七神）を合祀し、同5年に都波奈彌神社と復称した。和奈見部落の氏神である。